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Deutschland ist für Pfizer ein wichtiger Standort für die Klinische Forschung; hier wurden 2007 im Auftrag des Unternehmens rund 70 klinische Studien mit mehr als 3000 Patienten durchgeführt. Pfizer ist außerdem über kleinere Unternehmen und Kooperationen in der deutschen Forschungslandschaft engagiert.

Die Pfizer-Tochterfirma Coley Pharmaceuticals in Düsseldorf erforscht und entwickelt TLR Therapeutica™, eine neue Klasse von Immunotherapeutica gegen verschiedene Erkrankungen sowie zur Verbesserung der Wirksamkeit von Impfstoffen. Pfizer unterhält drei hochmoderne Produktionsstandorte in Deutschland. In Illertissen stellt Pfizer Arzneimittel für Patienten weltweit her, darunter auch Champix®.

In Freiburg werden Tabletten und Kapseln produziert. Die Pfizer Manufacturing Frankfurt GmbH & Co. KG im Industriepark Höchst ist eine der modernsten Biotechnologieanlagen weltweit. Die Deutschlandzentrale verlegt Pfizer im Herbst von Karlsruhe nach Berlin.

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