Ärzte Zeitung, 16.04.2013

Metagenomik

Neue Technik für EHEC-Diagnose entwickelt

Das Genom des EHEC-Erregers ist erstmals direkt aus Patientenmaterial rekonstruiert worden.

HAMBURG. Das komplette Genom des Erregers der EHEC-Epidemie von 2011 ist direkt aus Stuhlproben infizierter Patienten sequenziert worden.

Diese diagnostische Metagenomik ermöglicht die Charakterisierung von Erregern ohne Anzüchtung im Labor (JAMA 2013; 309(14): 1502-1510).

Bei Epidemien hängt es entscheidend davon ab, wie schnell der Ausbruchstamm identifiziert wird. In der retrospektiven Analyse haben die Forscher mit modernen Sequenzier- und eigens entwickelten bioinformatischen Methoden 45 Stuhlproben sequenziert und untersucht.

In den meisten Proben wurden vielfache Kopien des gesamten genetischen Materials von STEC O104:H4 gefunden. In einigen Patientenproben, bei denen kein STEC O104:H4 gefunden wurde, ließen sich andere Durchfallerreger wie C. difficile, C. jejuni oder S. enterica nachweisen, wie das Uniklinikum Hamburg-Eppendorf meldet. (eb)

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