Ärzte Zeitung online, 21.01.2009

Neue Einblicke in die Proteinfaltung in Nanosekunden

BASEL (eb). Forscher vom Biozentrum der Universität Basel und von der Technischen Universität München haben eine neue Methode entwickelt, um die Dynamik von Proteinen im Zeitbereich von Milliardstelsekunden zu beobachten. Diese Messungen im Nanosekundenbereich tragen zum besseren Verständnis der Prozesse der Proteinfaltung bei und eröffnen Einblicke, wie Eiweiße ihre räumliche Struktur finden und ändern.

Ein Protein besteht aus einer Kette von Aminosäuren, die im Prozess der Proteinfaltung eine bestimmte räumliche Struktur einnehmen müssen, um ihre biologische Funktion zu erfüllen. Läuft bei diesem Prozess etwas falsch, kann es zu einer Anhäufung inaktiver Proteine in der Zelle führen und es können Krankheiten wie Alzheimer, die Creutzfeldt-Jakob Krankheit oder die Parkinson-Krankheit entstehen.

Die ursprüngliche Struktur eines Proteins ist flexibel und wechselt zwischen verschiedenen Konformationen hin und her. Da solche Konformationsübergänge für die Proteinfunktion oft unerlässlich sind, ist die Dynamik der Molekülbewegungen von Aminosäureketten von grundlegender Bedeutung für die Faltung und Funktion von Proteinen.

Grundlegenden Konformationsänderungen in Proteinen finden innerhalb von Nanosekunden bis Mikrosekunden statt, aber dieser Zeitbereich war bisher experimentell nur sehr begrenzt zugänglich. Professor Thomas Kiefhaber (jetzt TU München), Dr. Beat Fierz und Andreas Reiner vom Biozentrum der Universität Basel haben nun eine Methode entwickelt, die Messungen der Molekülbewegungen mit einer zeitlichen Auflösung von unter einer Nanosekunde ermöglicht. Damit konnte zum ersten Mal der Wechsel zwischen verschiedenen Proteinkonformationen in diesem Zeitbereich experimentell untersucht werden.

Die Forscher wählten für ihre Studie das einfachste und häufigste Proteinstrukturelement als Modellsystem, die alpha-Helix (PNAS online vorab). Aber selbst dieses einfache System wurde aufgrund der hohen Komplexität und Geschwindigkeit der Faltungsreaktionen bis heute nicht genau verstanden. Die Forschungsergebnisse der Arbeitsgruppe Kiefhaber ermöglichen nun einen genaueren Einblick in die Dynamik von alpha-Helices. Die Untersuchungen zeigen, dass sich eine Helix nicht als Ganzes faltet oder entfaltet, sondern in vielen verschiedenen Zuständen vorliegt, die schnell ineinander übergehen. Solche lokalen Konformationsänderungen sind ortsabhängig und finden im Zeitbereich von 250 Nano- bis 1,5 Mikrosekunden statt. Dabei ist die Dynamik an den Helix-Enden schneller als in der Mitte. Mittels theoretischer Modelle konnten diese Ergebnisse im Detail verstanden werden. Die Forschungsergebnisse sind von grundlegender Bedeutung für das Verständnis der Funktion, Faltung and Fehlfaltung von Proteinen.

Abstract der Studie "Local conformational dynamics in alpha-helices measured by fast triplet transfer"

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