Sequenzdaten in Echtzeit

Wissenschaftler entwickeln Plattform zur Überwachung von SARS-CoV-2-Mutationen

Die neue, interaktive Plattform „CovRadar“ soll Sequenzinformationen leichter und nutzerfreundlicher zugänglich machen.

Veröffentlicht:

Potsdam. Zur molekularen Überwachung des Corona-Spike-Proteins, auf das die meisten Impfstoffe zielen, haben Wissenschaftler eine interaktive Plattform entwickelt. Das hat das Hasso-Plattner-Institut (HPI) am Dienstag mitgeteilt. Beteiligt an der Entwicklung des „CovRadar“ waren neben dem HPI außerdem das Robert-Koch-Institut, das Europäische Virus-Bioinformatik Institut und die Medizinische Hochschule Hannover.

Die Plattform verbindet einen Analyseprozess und eine Web-Anwendung, die die Analyse und Visualisierung von über einer Million Sequenzen ermöglicht. Dafür erstellt „CovRadar“ laut Mitteilung aus Genomregionen ein multiples Sequenz-Alignment und bestimmt daraus Varianten, Konsensus-Sequenzen und phylogenetische Stammbäume. Die Ergebnisse werden in der interaktiven Webanwendung präsentiert. Dabei sind durch Filteroptionen sowohl Echtzeit- als auch retrospektive Analysen möglich. Gleichzeitig erlaubt eine interaktive Deutschland-Karte auch die Betrachtung der Verbreitung von Mutationen in verschiedenen Regionen.

„Unser Ziel ist es, Sequenzinformationen über die neue Plattform CovRadar leichter und nutzerfreundlicher zugänglich zu machen, insbesondere für Virologen und Epidemiologen sowie den Krisenstab des RKI, damit wir notfalls sehr schnell auf Mutationen reagieren können“, wird Professor Bernhard Renard in der Mitteilung zitiert. Renard ist Leiter des Lehrstuhls Data Analytics and Computational Statistics und des CovRadar-Projekts am HPI sowie Mitglied des Wissenschaftlichen Beirats des Robert Koch Instituts.

CovRadar ist frei zugänglich unter https://covradar.net. (eb)

Mehr zum Thema
Das könnte Sie auch interessieren
Digitalisierung? „Muss für Ärzte einen Mehrwert bieten!“

„EvidenzUpdate“-Podcast

Digitalisierung? „Muss für Ärzte einen Mehrwert bieten!“

Digitalisierung und Datenschutz pandemiekonform: SVR-Vorsitzender Professor Ferdinand Gerlach (li.) am 24. März in Berlin bei der Vorstellung des Ratsgutachtens und der Bundesdatenschutzbeauftragte Professor Ulrich Kelber (re.) einen Tag später bei der Vorlage seines Tätigkeitsberichts.

„ÄrzteTag“-Podcast

„Wir verlangen Digitalisierung mit Gehirnschmalz!“ (Streitgespräch Teil 1)

Thorsten Kaatze, kaufmännischer Direktor am Uniklinikum Essen

„ÄrzteTag“-Podcast

Ein „Kochrezept“ für die Digitalisierung einer Uniklinik

Die Chancen der Vitamin-C-Hochdosis-Therapie nutzen

Vitamin-C-Therapie

Die Chancen der Vitamin-C-Hochdosis-Therapie nutzen

Anzeige | Pascoe Naturmedizin
Hochdosiertes Vitamin C als wichtige Behandlungsoption

III. internationaler Vitamin-C-Kongress

Hochdosiertes Vitamin C als wichtige Behandlungsoption

Anzeige | Pascoe Naturmedizin
Das sagt die Wissenschaft: Vitamin C und COVID-19

SARS-CoV-2 und COVID-19

Das sagt die Wissenschaft: Vitamin C und COVID-19

Anzeige | Pascoe Naturmedizin
Kommentare
Veröffentlichte Meinungsäußerungen entsprechen nicht zwangsläufig der Meinung und Haltung der Ärzte Zeitung.
Dr. Horst Grünwoldt

Wie können die vielen Virus- und Spikeprotein- Sequenzierungen der Molekularbiologen schon die derzeitige "Corona"- Pandemie eindämmen?- -- - Wo entstehen immer wieder die "neuen" Coronavirus- Mutanten? - - - Doch nicht in der Umwelt, sondern fortgesetzt als Absonderungen von leblosen Nano-Zellpartikeln aus vorgeschädigten Atemwegs-Schleimhäuten im Rahmen einer intrazellulär fehlgeleiteten Protein-Synthese mit klinischen Entzündungs-Symptomen; und nicht im "Stillen Brüter" einzelner infizierter Atemwegszellen (Endothelien), und der Hypothese von schon latenter Infektiosität der gesunden, positiv-Corona-Abstrichgetesteten!
Können die Labor- "Sequenzierungen" etwa schon die Contactiosität oder Virulenz "neuer" Mutanten bestimmen? - - -
Vorstellbar ist das aber alleine (im ethisch obsoleten Menschen- Infektionsversuch?) mittels klinischer Beobachtung des Patienten-Gutes durch infektiologisch erfahrene Internisten.
Die Molekularbiologen können natürlich immer einen wesentlichen Beitrag zur Impfstoff-Herstellung leisten!
Dr. med. vet. Horst Grünwoldt (Hygieniker), Rostock


Sie müssen angemeldet sein, um einen Kommentar verfassen zu können.
Die Newsletter der Ärzte Zeitung

Lesen Sie alles wichtige aus den Bereichen Medizin, Gesundheitspolitik und Praxis und Wirtschaft.

Nachmittags: das schnelle Telegramm. Am Morgen: Ihr individuell zusammengestellter Themenmix.

Newsletter bestellen »

Vorteile des Logins

Über unser kostenloses Login erhalten Ärzte, Medizinstudenten, MFA und weitere Personengruppen viele Vorteile.

Die Anmeldung ist mit wenigen Klicks erledigt.

Jetzt anmelden / registrieren »

Top-Meldungen