Weltweites Projekt
Tausende neuer Bakterien und Viren entdeckt
Ein internationales Team hat Mikroorganismen aus 60 Städten in 32 Ländern charakterisiert. Ziel ist es, resistente Erreger zu identifizieren und die Erforschung neuer Antiinfektiva voranzutreiben.
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„Next Generation DNA-Sequencing“: Erst mit dieser Methode gibt es die Möglichkeit, große Mengen an DNA in hoher Geschwindigkeit zu sequenzieren.
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Tübingen. Etwa 55 Prozent der Weltbevölkerung lebt in Städten, und Milliarden Menschen kommen täglich in Bahnhöfen zusammen. Ziel des Projekts „Metagenomics und Metadesign of Subways and Urban Biomes“ (MetaSUB) ist es, die dort zirkulierenden Mikroorganismen zu identifizierten und jeweils deren Gesamtheit (Mikrobiome) in den Städten weltweit zu charakterisieren.
Forscher haben dazu jetzt in einer dreijährigen Arbeit 10 .928 neue Viren- und 748 neue Bakterienstämme beschrieben, die bisher noch in keiner Referenzdatenbank verzeichnet waren (Cell 2021; online 26. Mai). Das Team um Daniela Bezdan vom Uniklinikum Tübingen und Dr. David Denko von der Weill Cornell Graduate School in New York (USA) hat dazu mehr als 5000 Proben aus dicht besiedelten U-Bahn-Stationen, Bahnhöfen und Krankenhäusern aus 60 Städten analysiert. Verwendet wurde dabei das sogenannte „Next-Generation Sequencing“ zur Sequenzierung von DNA, berichtet die Uniklinik Tübingen in einer Mitteilung.
Zeige mir deine Erreger, und ich sage dir wo du wohnst
Nach den Ergebnissen gibt es in jeder Stadt ein spezifisches und einzigartiges Mikrobiom. So lasse sich nur durch Sequenzierung der DNA auf den Schuhen eines Menschen zu 90 Prozent vorhersagen, wo er lebt. Das Mikrobiom einer Stadt werde etwa durch die Gesamtbevölkerung und Bevölkerungsdichte, die Höhenlage, die Nähe zum Meer und das Klima beeinflusst.
Die neuen Erkenntnisse können zur Identifikation antibiotikaresistenter Stämme beitragen, heißt es in der Mitteilung. Da einige Städte mehr Resistenzgene aufweisen als andere, gebe es somit für einige dieser Gene stadtspezifische Signaturen. Und: Viele der verfügbaren Antibiotika und Medikamente werden aus mikrobiellen Quellen gewonnen. Die Erforschung der von bisher unbekannten Mikroben hergestellten Moleküle und Proteine könnte daher helfen, weitere neue Antibiotika zu entwickeln.
Allerdings: RNA-Viren wie SARS-CoV-2 ließen sich mit den DNA-Analysemethoden dieser Studie nicht erkennen. Die Suche nach solchen Virusarten soll in zukünftigen Studien nachgeholt werden. (eb/eis)
